與其他審計程序一樣，經(jīng)濟效益審計也包括準(zhǔn)備、實施和結(jié)束三個階段。但是，在這三個階段中，經(jīng)濟效益審計所進行的具體活動，與財務(wù)審計和財經(jīng)法紀(jì)審計是有所不同的。

　　首先，經(jīng)濟效益審計在準(zhǔn)備階段要資料搜集更為全面而且工作內(nèi)容比其他審計更多、更復(fù)雜。

　　其次，經(jīng)濟效益審計需要編制更具體和細(xì)致的審計計劃及方案。因此經(jīng)濟效益審計工作實際操作難度更大。

　　第三，經(jīng)濟效益審計不采取突擊審計的方式，在實施審計工作前，要給被審計單位下達審計通知書。

　　第四，審計報告采取詳式報告，審計報告所反映的內(nèi)容與其他審計有較大的區(qū)別。審計報告中要對被審計單位的經(jīng)濟效益狀況進行系統(tǒng)分析，指出制約經(jīng)濟效益提高的因素，提出具體的建設(shè)和措施。