甲為國(guó)有獨(dú)資有限公司，擁有被投資單位乙公司和全資子公司丙。其中，2013年8月，甲、丁公司分別以現(xiàn)金200萬(wàn)元和800萬(wàn)元，共同出資成立乙公司，股權(quán)比例為20%和80%。2014年9月，經(jīng)乙公司股東會(huì)決議，甲公司將位于A地的土地、房屋對(duì)乙公司增資2000萬(wàn)元；丁公司以現(xiàn)金增資2000萬(wàn)元。增資后，雙方持股比例為44%和56%。因丙公司上市，經(jīng)市國(guó)資委2014年8月批準(zhǔn)，丙公司將位于B地塊的土地和房屋不良資產(chǎn)，按賬面凈值3500萬(wàn)元，無(wú)償劃轉(zhuǎn)給甲公司。雙方簽訂了土地、房屋產(chǎn)權(quán)轉(zhuǎn)移書據(jù)。甲公司計(jì)劃未來(lái)將持有乙公司的股權(quán)全部轉(zhuǎn)讓給丁公司。對(duì)上述交易事項(xiàng)，契稅如何繳納，當(dāng)?shù)刂鞴芏悇?wù)機(jī)關(guān)規(guī)定契稅稅率3%。

　　根據(jù)契稅暫行條例規(guī)定，甲、乙公司為契稅納稅義務(wù)人。

　　甲公司將位于A地的土地、房屋投資于乙公司，股權(quán)比例占44%。《財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)事業(yè)單位改制重組契稅政策的通知》（財(cái)稅〔2012〕4號(hào)）規(guī)定，非公司制國(guó)有獨(dú)資企業(yè)或國(guó)有獨(dú)資有限責(zé)任公司，以其部分資產(chǎn)與他人組建新公司，且該國(guó)有獨(dú)資企業(yè)（公司）在新設(shè)公司中所占股份超過(guò)50%的，對(duì)新設(shè)公司承受該國(guó)有獨(dú)資企業(yè)（公司）的土地、房屋權(quán)屬，免征契稅。由于甲公司持股比例未超過(guò)50%，因此，乙公司應(yīng)交契稅＝2000×3%＝60（萬(wàn)元）。

　　財(cái)稅〔2012〕4號(hào)文件明確，對(duì)承受縣級(jí)以上人民政府或國(guó)有資產(chǎn)管理部門按規(guī)定進(jìn)行行政性調(diào)整、劃轉(zhuǎn)國(guó)有土地、房屋權(quán)屬的單位，免征契稅。對(duì)同一投資主體內(nèi)部所屬企業(yè)之間土地、房屋權(quán)屬的劃轉(zhuǎn)，包括母公司與其全資子公司之間，同一公司所屬全資子公司之間，同一自然人與其設(shè)立的個(gè)人獨(dú)資企業(yè)、一人有限公司之間土地、房屋權(quán)屬的劃轉(zhuǎn)，免征契稅。根據(jù)國(guó)資委文件，甲公司取得丙公司無(wú)償劃轉(zhuǎn)的土地、房屋3500萬(wàn)元，且丙為甲的全資子公司，免征契稅。

　　甲公司計(jì)劃未來(lái)將持有乙公司的股權(quán)全部轉(zhuǎn)讓給丁公司，僅說(shuō)明雙方發(fā)生股權(quán)轉(zhuǎn)讓，但土地、房屋權(quán)屬仍在乙公司名下，未發(fā)生權(quán)屬轉(zhuǎn)移，丁公司無(wú)需繳納契稅。財(cái)稅〔2012〕4號(hào)文件明確，在股權(quán)（股份）轉(zhuǎn)讓過(guò)程中，單位、個(gè)人承受公司股權(quán)（股份），公司土地、房屋權(quán)屬不發(fā)生轉(zhuǎn)移，不征收契稅。