隨著出口退稅政策及管理制度的調整，現有出口貨物稅收函調制度已不能完全滿足工作需要。為解決出口貨物稅收函調回函率低、回函不及時和回函內容不確切等問題，國家稅務總局制定了新的《出口貨物稅收函調辦法》，自2006年12月1日起執(zhí)行。

　　第一條  為加強出口退稅管理，完善稅務機關調查核實出口貨物有關情況函調制度，防范和打擊騙取出口退稅違法行為，制定辦法。

　　第二條  主管出口退稅的稅務機關(以下簡稱退稅機關)在辦理出口貨物退(免)稅過程中有下列情況之一的，應按附件1(略)格式向出口貨物供貨企業(yè)所在地縣級以上稅務機關發(fā)函調查，并依據回函情況進行處理。未收到回函前，對于尚未辦理的退(免)稅款，暫不辦理。

　　(一)出口退稅審核、審批工作發(fā)現出口貨物貨源存在疑點的；

　　(二)經退稅評估分析發(fā)現存在異常情況的；

　　(三)對供貨企業(yè)生產、經營及納稅情況有疑問的；

　　(四)退稅機關認為需要調查的其他情況。

　　各省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市國家稅務局可結合本地區(qū)實際情況，進一步細化本地區(qū)發(fā)函調查的具體范圍。

　　第三條  出口企業(yè)與供貨企業(yè)屬于同一地市級國家稅務局或縣級國家稅務局管轄的，稅務機關內部退稅部門也可直接向稅源管理部門提出書面申請(書面申請的文書格式由各省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市國家稅務局自行制定)，由稅源管理部門負責組織進行審核調查，調查內容與附件2(略)所列內容一致。

　　第四條  稅務機關內部負責發(fā)函、回函工作的職能部門應指定專職或兼職人員負責出口貨物稅收函調的管理工作，對發(fā)函、回函進行登記、整理、歸檔。函調文件應以掛號信或特快專遞郵寄，不得委托函調涉及企業(yè)及其他非稅務部門人員代為填寫和郵寄函調文件。

　　第五條  回函工作由出口貨物供貨企業(yè)所在地縣級以上稅務機關(以下簡稱回函地稅務機關)負責，在收到出口貨物稅收函調后，須派兩人以上的稅務人員到出口貨物供貨企業(yè)進行實地調查，核實供貨企業(yè)的生產經營能力(包括供貨企業(yè)自身生產的能力以及委托加工產品和外購產品等情況)、納稅等情況。

　　第六條  回函地稅務機關應在收到來函后1個月內按照附件2(略)格式回函。如因特殊情況不能按時回函的，也應在1個月內向來函單位說明原因及回函的具體時間，延期回函的時間一般不得超過3個月。

　　第七條  回函地稅務機關對函調涉及的企業(yè)特別是多次函調涉及的企業(yè)要按有關管理辦法納入重點監(jiān)控企業(yè)的范圍。

　　第八條  各級退稅機關在發(fā)函1個月后仍未收到對方回函或“原因說明”的，應及時向回函單位發(fā)出催辦單(附件3，略)。催辦后1個月內仍未收到回函的，可逐級向省級國稅局反映。省級國稅局對經協(xié)調、督促仍未回函的，將有關情況向總局如實反映。總局將根據情況對各地函調工作進行考核。

　　第九條  退稅機關在收到回函后，按照以下方式進行處理：

　　(一)回函確認供貨企業(yè)存在下列情況之一的，不得辦理出口退稅，對已辦理出口退稅的，應將出口退稅款追回。需要立案查處的，退稅機關應及時按照有關規(guī)定，將有關資料移交稽查部門立案查處。

　　1．供貨企業(yè)為無生產能力的(生產能力包括供貨企業(yè)自身生產的能力以及委托加工產品和外購產品，下同)；

　　2．該批貨物增值稅專用發(fā)票為虛開發(fā)票；

　　3．該批貨物中非自產貨物的購進業(yè)務不真實。

　　(二)對回函中的下列問題，應作為疑點進一步調查核實，在調查核實清楚以前暫不辦理出口退稅：

　　1．供貨企業(yè)銷售的全部貨物與其生產能力明顯不符的；

　　2．供貨企業(yè)在回函前有虛開發(fā)票行為，并正在查處的；

　　3．供貨企業(yè)增值稅進項發(fā)票是虛假的，并正在查處的；

　　4．供貨企業(yè)欠繳增值稅、消費稅稅款的；

　　5．其他需要進一步核查的情況。

　　對于上述第1至第5項情況，回函單位應在查處完畢后或供貨企業(yè)補繳所欠稅款后將有關情況及時函告發(fā)函單位。

　　第十條  應發(fā)函調查而未發(fā)函調查以及未按規(guī)定時間回函的，必須追究有關單位及相關人員的責任。回函內容不實的，必須按照函調的各環(huán)節(jié)，對有關單位及每一個簽字人員從嚴追究責任；內外勾結、觸犯刑法的，要移送司法機關處理。

　　第十一條  各省級國稅局退稅部門是函調工作的牽頭部門，其他相關部門應予以積極配合，省以下函調工作牽頭部門及參與配合部門由省級國稅局結合實際情況自定。

　　第十二條  此前規(guī)定與本辦法不一致的，以本辦法為準�！秶�家稅務總局關于印發(fā)(出口貨物稅收函調規(guī)定)的通知》(國稅發(fā)[1995]037號)、《國家稅務總局關于嚴格出口退稅審核加強出口貨物稅收函調工作的通知》(國稅明電[1996]56號)、《國家稅務總局關于出口貨物稅收函調問題的補充通知》(國稅函[1998]406號)、《國家稅務總局關于嚴格加強廣東省潮汕地區(qū)購進出口貨物退(免)稅管理的通知》(國稅函[2000]5l號)等文件停止執(zhí)行。