根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于外貿(mào)企業(yè)丟失增值稅專用發(fā)票抵扣聯(lián)出口退稅有關(guān)問題的通知》(國稅函[2010]162號)規(guī)定，對于企業(yè)丟失增值稅專用發(fā)票應(yīng)分以下兩種情況處理：

　　一是發(fā)票聯(lián)與抵扣聯(lián)全部丟失時，根據(jù)國稅函[2010]162號文件規(guī)定，對于外貿(mào)企業(yè)丟失已開具增值稅專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)的，在增值稅專用發(fā)票認(rèn)證相符后，可憑增值稅專用發(fā)票記賬聯(lián)復(fù)印件及銷售方所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務(wù)機(jī)關(guān)審核同意后，向主管出口退稅的稅務(wù)機(jī)關(guān)申報出口退稅。

　　二是有發(fā)票聯(lián)但抵扣聯(lián)丟失時，對于外貿(mào)企業(yè)只丟失已開具增值稅專用發(fā)票抵扣聯(lián)的，在增值稅專用發(fā)票認(rèn)證相符后，可憑增值稅專用發(fā)票發(fā)票聯(lián)復(fù)印件向主管出口退稅的稅務(wù)機(jī)關(guān)申報出口退稅。

　　另外，在辦理此項(xiàng)業(yè)務(wù)時還有兩點(diǎn)需要注意：

　　一、自2010年1月1日以后，增值稅專用發(fā)票等扣稅憑證抵扣期限，由90天調(diào)整為180天。那么，外貿(mào)企業(yè)丟失已開具的增值稅專用發(fā)票(抵扣聯(lián)或發(fā)票聯(lián))，如還未認(rèn)證的應(yīng)在規(guī)定期限的180天內(nèi)及時進(jìn)行認(rèn)證，并按上述兩類情況的要求辦理出口退稅的有關(guān)事宜。

　　二、對于各地主管出口退稅的稅務(wù)機(jī)關(guān)為了加強(qiáng)出口退稅的管理與審核，在增值稅專用發(fā)票信息比對無誤的情況下，才能按現(xiàn)行出口退稅有關(guān)規(guī)定辦理外貿(mào)企業(yè)丟失已開具增值稅專用發(fā)票的出口貨物。